医薬事業部門を中心に、飛躍的な成長を遂げつつあった1997年。ファイザー社のスティア会長兼CEOから、ファイザー社で働くすべての社員が共有し、実践すべき「価値規準」（Core Value）が発表されました。

Core Valueは、「誠実と高潔」「人間尊重」「全員参加のチームワーク」「善き市民」「リーダーシップ」「革新」「顧客志向」「業績改善」から形成されました。

翌1998年には、全社員が各Valueについて考えるワークショップを全国展開し、Core Valueに則ったさまざまな活動が行われました。例えば、2000年9月から始まった市民活動（NPO）への助成活動「ファイザープログラムー心とからだのヘルスケアに関する市民活動支援」、2002年9月に導入された短縮勤務制度など、Core Valueの具現化につながりました。

2001年6月、ファイザー社のCEO兼会長に就任したマッキンネルは新ミッション「世界で最も価値のある企業になる」を発表しました。その実現のために社員がなすべきこと、そしてファイザー製薬が目指すべき道を明確に指し示す8つのCore Valueと、全社員がリーダーシップを発揮する「リーダービヘイビア」を示しました。

2001年には3チーム制の導入という革新的な組織をスタート。さらに2002年には、大型製品の上市に合わせて、きめ細かい情報提供活動の実現と専門領域に精通した顧客ニーズへの迅速、的確なサービスの強化を図りました。

1999年にファイザー製薬代表取締役社長に就任したアラン・B・ブーツは、「日本で最も成功し、最も尊敬されるヘルスケアカンパニー」となることを、当時のビジョンとして掲げました。その間、Core Valueの実践、新製品の上市、医薬部門の強化などさまざまな改革が行われました。

そして21世紀に入り、日本国内はもちろん、世界における医薬品メーカー間の競争は激化し、世界的規模での再編成がダイナミックに行われました。ファイザー社も2000年6月にワーナー・ランバート社を統合。さらに2003年4月には、ファルマシア社と統合しました。

日本でのファルマシアとの統合後、ファイザー製薬は社名も新たに、ファイザー株式会社としてスタートしました。統合により、医薬部門では循環器系、中枢神経系、感染症・アレルギー系、泌尿器系、筋骨格系、眼科、癌、内分泌系と幅広い疾患領域をカバーしました。また、CHC事業部では禁煙補助剤が加わり、農産事業部でも製品ラインアップが強化されました。